Oncomine™ 肺 cfDNA 檢測

Oncomine™ Lung cfDNA 檢測是檢測 cfDNA 中肺癌腫瘤來源 DNA (ctDNA) 的完整研究解決方案的一部分。其提供了文庫構(gòu)建試劑，以及用于從一管全血的血漿組分中獲得的無細(xì)胞 DNA (cfDNA) 中制備擴(kuò)增子文庫的一池多重 PCR 引物。該檢測可幫助研究人員分析非小細(xì)胞肺癌 (NSCLC) 經(jīng)常突變的單核苷酸變體和短插入缺失。覆蓋 11 個(gè)基因和 >150 個(gè)熱點(diǎn)（基因：ALK、BRAF、EGFR、ERBB2、KRAS、MAP2K1、MET、NRAS、PIK3CA、ROS1 和 TP53）。通過使用專有測序技術(shù)，可實(shí)現(xiàn)低至 0.1% 的檢測限 (LOD)。

注：可在下文‘文件’中找到使用 Torrent Suite 軟件 5.2 進(jìn)行 cfDNA 變體分析的靶標(biāo)和熱點(diǎn) BED 文檔和用戶指導(dǎo)文件。

•用于短 cfDNA (～170 bp) 的優(yōu)化擴(kuò)增子設(shè)計(jì)
• 檢測單核苷酸變異 (SNV) 和低至 0.1% LOD 的短插入缺失
• 優(yōu)化的靶向測定試劑盒設(shè)計(jì)可進(jìn)行高度多重下一代測序 (NGS)，降低測序成本
• 非常高的靈敏度和特異性，可使用較小假陽性進(jìn)行極低水平檢測
• 高效工作流程，從一管血液到得出結(jié)果僅需 2 天

為什么病理科醫(yī)生和腫瘤科醫(yī)生關(guān)注液體活檢臨床癌癥研究？液體活檢相比于傳統(tǒng)實(shí)體腫瘤樣本檢測的優(yōu)勢：
• 微創(chuàng)獲取，可多次采集腫瘤內(nèi)容物樣品
• 與傳統(tǒng)組織采樣相比成本更低
• 從采樣至得到結(jié)果的周轉(zhuǎn)時(shí)間更短
• 有助于捕獲更多腫瘤的異質(zhì)性
• 可改善未來標(biāo)準(zhǔn)診療

使用 Ion Chef™ 系統(tǒng)和 Ion S5™ XL 測序系統(tǒng)可僅在 2 天內(nèi)完成從使用 MagMAX™ 無細(xì)胞 DNA 分離試劑盒進(jìn)行 cfDNA 分離到樣品分析的整個(gè)工作流程（下圖）。

與具有低 LOD (1-5%) 的其他技術(shù)不同，Oncomine 肺 cfDNA 測定試劑盒具有低至 0.1% 的靈活檢測限或在 1,000 個(gè)野生型拷貝背景中具有 1 個(gè)突變體拷貝。為了達(dá)到 0.1% LOD，需要 20 ng cfDNA 上樣量。cfDNA 用量可以更低，但 LOD 將更高，這取決于上樣量。

簡單性、速度和可擴(kuò)展性
Oncomine 肺 cfDNA 測定試劑盒只需 1 ng cfDNA 上樣量即可進(jìn)行靶向文庫構(gòu)建從而進(jìn)行癌癥基因研究。cfDNA 檢測試劑盒使用標(biāo)準(zhǔn) PCR 設(shè)備和 2 次簡單的 PCR 反應(yīng)，一次用于測序，另一次用于擴(kuò)增文庫以進(jìn)行高度多重 PCR 靶標(biāo)的選擇，這將減少擴(kuò)大資本投資的需求。此外，Oncomine Lung cfDNA 檢測試劑盒與 FFPE 樣品兼容，可用于潛在的一致性研究。靶向文庫的總時(shí)間通常僅為 3.5 小時(shí)。使用標(biāo)簽測序條形碼套件 1-24 實(shí)現(xiàn)可擴(kuò)展性和靈活性