暗猝滅劑(一種非熒光發(fā)色團(tuán))BHQ-3 NHS,871240-94-7
英文名稱:BHQ-3 NHS
CAS:871240-94-7
外觀:深紫色粉末
分子式:C37H38N7O4+
分子量:644.76
儲(chǔ)存條件:-20°C,避光避濕
結(jié)構(gòu)式:
產(chǎn)品簡(jiǎn)介:黑暗猝滅劑?-3染料寡核苷酸修飾。BHQ-3可以位于5或3末端或寡核苷酸的內(nèi)部。BHQ?-3標(biāo)記的寡核苷酸用于許多應(yīng)用,包括用于實(shí)時(shí)PCR的雙標(biāo)記熒光探針。該暗猝滅劑具有620-730 nm的強(qiáng)吸收范圍,可對(duì)在該范圍內(nèi)發(fā)出熒光的熒光團(tuán)(如Quasar?670和Quasar 705染料)進(jìn)行好的猝滅。
NHS修飾是合成后與一個(gè)伯氨基的共軛,因此是一個(gè)附加的需要用氨基修飾。C6或C12氨基可置于5'或?qū)τ?'端,使用C3或C7氨基,對(duì)于內(nèi)部位置,使用氨基修飾的堿,例如氨基dT C6?;贜HS的產(chǎn)率修飾是使用伯氨基進(jìn)行的合成后共軛。與可作為酰胺的直接自動(dòng)化偶聯(lián)改性相比,產(chǎn)率較低。近似各種規(guī)模的產(chǎn)量如下所示。
50 nmol規(guī)模合成的***終產(chǎn)量約為2 nmol。
200 nmol規(guī)模合成的~5 nmol***終產(chǎn)量。
1μmol規(guī)模合成的~16 nmol***終收率
黑洞猝滅劑-1(BHQ-1)被歸類為暗猝滅劑(一種非熒光發(fā)色團(tuán)),被***使用作為各種熒光共振能量轉(zhuǎn)移(FRET)DNA檢測(cè)探針中的3'-猝滅部分。這樣的探針主要用于核酸分析,但也可用于核酸結(jié)構(gòu)研究(1)。例子包括TaqMan探針(2)、蝎子引物(3)和分子信標(biāo)(4)。BHQ-1的吸光度為534 nm,有效吸光度范圍為480-580 nm。這是用于與熒光染料配對(duì)的猝滅劑,熒光染料在可見光范圍(519-556 nm)的黃綠色到黃色部分發(fā)射。這個(gè)染料的發(fā)射光譜與BHQ-1的吸收光譜充分重疊,從而使后者能夠淬滅染料前者熒光***。
在FRET探針中使用暗猝滅器的優(yōu)點(diǎn)是低背景熒光(因此更好)信噪比,(b)更高的動(dòng)態(tài)范圍,(c)適用于多重分析(由于暗猝滅器沒有二次熒光),以及(d)使用暗猝滅劑易于合成FRET探針(因?yàn)榘碘鐒┰诘途畚锩摫Wo(hù)步驟中抗降解)(5)。
作為核酸雜交探針檢測(cè)系統(tǒng)使用的各種熒光染料和猝滅劑分子的開發(fā)允許開發(fā)幾種不同的實(shí)時(shí)PCR分析系統(tǒng),這些系統(tǒng)利用染料猝滅劑雜交探針,僅當(dāng)它們與目標(biāo)結(jié)合時(shí)才產(chǎn)生熒光信號(hào)。然而,為了正確設(shè)計(jì)針對(duì)特定目標(biāo)的分析,重要的是根據(jù)分析中使用的雜交探針類型、待檢測(cè)的目標(biāo)數(shù)量以及可用于執(zhí)行分析的設(shè)備類型,仔細(xì)選擇雜交探針的染料和猝滅劑。
1) 選擇能被激發(fā)源和你計(jì)劃在實(shí)驗(yàn)中使用的分光光度熱循環(huán)儀的光學(xué)元件適當(dāng)激發(fā)和檢測(cè)的熒光染料。基于激光的激發(fā)源通常在窄波長(zhǎng)范圍內(nèi)(例如,氬離子激光器為500-540 nm)提供激發(fā),而白光源(例如,鹵鎢燈)和發(fā)光二極管與激發(fā)和發(fā)射濾光片結(jié)合可在整個(gè)可見范圍(400-700 nm)內(nèi)激發(fā)熒光團(tuán)。
2) 對(duì)于用一個(gè)雜交探針檢測(cè)一個(gè)目標(biāo),建議對(duì)染料使用FAM、HEX或TET,因?yàn)樗鼈兛梢栽谒蟹止夤舛葻嵫h(huán)儀上檢測(cè)到,并且所有三種探針都可以使用磷酰胺(這使得探針的合成簡(jiǎn)單且具有成本效益)。
3) 對(duì)于復(fù)合分析,至少需要兩種不同的雜交探針,應(yīng)選擇吸收和發(fā)射波長(zhǎng)分離良好的染料。
4) 對(duì)于FRET雜交探針,應(yīng)選擇光譜高度重疊的熒光染料猝滅劑對(duì)。請(qǐng)參閱淬火劑選擇表以選擇適當(dāng)?shù)拇慊饎?br/>
5) 對(duì)于基于接觸猝滅的雜交探針(例如,分子信標(biāo)),任何非熒光猝滅劑都應(yīng)工作良好。
BHQ-1 acid 1190431-95-8
BHQ-2 acid 1214891-99-2
BHQ-3 acid 1338332-66-3
BHQ-1 amine 1308657-79-5
BHQ-2 amine 1241962-11-7
BHQ-3 amine 1661064-89-6
BHQ-1 NHS 916753-61-2
BHQ-3 NHS 871240-94-7
BHQ-2 NHS 916753-62-3